Eine wichtige Voraussetzung für die Antragstellung und die Einführung des konfessionell-kooperativen Religionsunterrichts ist die Fortbildung der Religionslehrer*innen. Der Besuch der Fortbildung ist für die antragstellenden Schulen obligatorisch.
Diese Fortbildungen, die von den evangelischen und katholischen Instituten gemeinsam mit den Schulreferaten der evangelischen Kirchenkreise verantwortet werden, führen ein in die Intention und die Grundlagen dieser neuen Organisationsform des RU. Weitere Ziele sind die Profilierung des Konfessionsbewusstseins der Lehrkräfte einerseits und die curriculare Gestaltung des konfessionell-kooperativen RU seitens beider Fachgruppen andererseits.